از بخش‌های این بنا می‌توان به وجود چاهی با قطری حدود ۴ متر در وسط حیاط این مدرسه اشاره نمود که به سردابی به عمق حدود ۷ متر منتهی می‌گردد، ارتفاع گنبد این بقعه به ۲۰ متر می‌رسد و دارای گچبری‌های و تزئینات زیبائی با آبرنگ طلائی و لاجوردی بوده که بخش اعظم آن از بین رفته‌است.
در مورد این بنا روایت‌هایی مطرح می‌باشد که قدمت ساخت آن را به زمان حمله اسکندر مقدونی به ایران نسبت می‌دهد که از این بنا به عنوان زندان استفاده می‌گردیده که بعدها تغییر کاربری داده و به عنوان مدرسه مورد استفاده قرار گرفته‌است.
مدرسه ضیائیه یزد از شیوه آذری است. این مدرسه در چهار مرحله ساخته شده‌است. نخست گنبد خانهٔ کهن آن هم‌زمان با حمله مغولان، برای آرامگاه ساخته شده و مدرسه هم نبوده‌است و دویست سال پس از آن در اوایل سده دهم، نوهٔ سازندهٔ نخست گنبد، در کنار آن، این مدرسه را می‌سازد و آن را مدرس این مدرسه می‌کند و درگاه آن را هم به مدرسه باز می‌کند. این‌جا هم‌خانه مدرس داشته که بخش اندکی از آن پیداست. بر خلاف خانهٔ مدرس ابراهیم خان کرمان که از درون مدرسه بدان راه می‌یابند، در این از همان هشتی می‌توان به خانه مدرس راه یافت. میانسراء افزون بر ایوانچهٔ جلوی حجره‌ها چهار ایوان بلندتر دارد که ان را چهار ایوانی کرده‌است
